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林耐的生物分类方法和分类原则，对生物学的发展起到了重大的作用 ，奠定了科学生物分类学的基础 。现在对生物分类有了统一的规定 ，即用7个等级将生物逐级分类 。这7个等级由高到低分别是界、门 、纲 、目、科 、属 、种。一个“界 ”含有多个门，一个“门 ”含有多个纲 ，以此类推 ，分类的最小单位是种 。每种生物在分类系统中都有自己固定的位置 。
生物分类学是研究生物分类的方法和原理的生物学分支。分类就是遵循分类学原理和方法，对生物的各种类群进行命名和等级划分 。
地球上现生的物种以百万计 ，千变万化 ，各不相同，如果不予分类 ，不立系统 ，便无从认识，难以研究利用 。分类的对象是形形色色的种类，都是进化的产物。因而从理论意义上说 ，分类学是生物进化的历史总结 。
分类学是综合性学科 。生物学的各个分支 ，从古老的形态学到现代分子生物学的新成就，都可吸取为分类依据。分类学亦有其自己的分支学科 ，如以染色体为依据的细胞分类学 ，以血清反应为依据的血清分类学，以化学成分为依据的化学分类学 ，等等 。动物、植物和细菌 ，作为三门分类学，各有其特点；病毒分类则尚未正式采用双名制和阶元系统 。
生物分类学的历史
人类在很早以前就能识别物类 ，给以名称。汉初的《尔雅》把动物分为虫 、鱼 、鸟、兽4类：虫包括大部分无脊椎动物；鱼包括鱼类 、两栖类 、爬行类等低级脊椎动物及鲸和虾、蟹 、贝类等 ，鸟是鸟类；兽是哺乳动物。这是中国古代最早的动物分类，四类名称的产生时期看来不晚于西周 。这个分类 ，和林奈的六纲系统比较 ，只少了两栖和蠕虫两个纲 。
古希腊哲学家亚里士多德采取性状对比的方法区分物类，如把热血动物归为一类，以与冷血动物相区别。他把动物按构造的完善程度依次排列 ，给人以自然阶梯的概念 。
17世纪末 ，英国植物学者雷曾把当时所知的植物种类，作了属和种的描述 ，所著《植物研究的新方法》是林奈以前的一本最全面的植物分类总结 ，雷还提出“杂交不育”作为区分物种的标准 。
近代分类学诞生于18世纪，它的奠基人是瑞典植物学者林奈。林奈为分类学解决了两个关键问题：第一是建立了双名制 ，每一物种都给以一个学名 ，由两个拉丁化名词所组成，第一个代表属名 ，第二个代表种名 。第二是确立了阶元系统 ，林奈把自然界分为植物 、动物和矿物三界，在动植物界下 ，又设有纲、目、属 、种四个级别 ，从而确立了分类的阶元系统 。
每一物种都隶属于一定的分类系统，占有一定的分类地位，可以按阶元查对检索。林奈在1753年印行的《植物种志》和1758年第10版《自然系统》中首次将阶元系统应用于植物和动物 。这两部经典著作 ，标志着近代分类学的诞生 。
林奈相信物种不变 ，他的《自然系统》没有亲缘概念，其中六个动物纲是按哺乳类 、鸟类、两栖类 、鱼类 、昆虫、蠕虫的顺序排列的。拉马克把这个颠倒了的系统拨正过来 ，从低级到高级列成进化系统 。他还把动物区分为脊椎动物和无脊椎动物两类 ，并沿用至今 。
由于林奈的进化观点在当时没有得到公认，因而对分类学影响不大。直到1859年 ，达尔文的《物种起源》出版以后 ，进化思想才在分类学中得到贯彻，明确了分类研究在于探索生物之间的亲缘关系 ，使分类系统成为生物系谱——系统分类学由此诞生。
生物分类学的基本内容
分类系统是阶元系统 ，通常包括七个主要级别：种 、属 、科、目 、纲 、门、界 。种(物种)是基本单元，近缘的种归合为属 ，近缘的属归合为科 ，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门 ，门隶于界 。
随着研究的进展 ，分类层次不断增加，单元上下可以附加次生单元 ，如总纲(超纲) 、亚纲 、次纲、总目(超目)、亚目 、次日 、总科(超科)、亚科等等。此外 ，还可增设新的单元，如股 、群 、族、组等等 ，其中最常设的是族 ，介于亚科和属之间 。
列入阶元系统中的各级单元都有一个科学名称 。分类工作的基本程序就是把研究对象归入一定的系统和级别，成为物类单元。所以分类和命名是分不开的 。
种和属的学名后常附命名人姓氏 ，以标明来源 ，便于查找文献 。变种学名亦采取三名制，分类名称要求稳定 ，一个属或种(包括种下单元)只能有一个学名。一个学名只能用于一个对象(或种) ，如果有两个或多个对象者，便是“异物同名 ”，必须于其中核定最早的命名对象 ，而其他的同名对象则另取新名 。这叫做“优先律 ” ，动物和植物分类学界各自制订了《命名法规》，所以在动物界和植物界间不存在异物同名问题 。“优先律”是稳定学名的重要措施。优先律的起始日期 ，动物是1758年 ，植物是1820年，细菌则起始于1980年1月1日 。
鉴定学名是取得物种有关资料的手段 ，即使是前所未知的新种类 ，只要鉴定出其分类隶属，亦可预见其一定特征 。分类系统是检索系统 ，也是信息存取系统。许多分类著作 ，如基于区系调查的动植物志，记述某一国家或地区的动植物种类情况 ，作为基本资料 ，都是为鉴定 、查考服务的。
物种指一个动物或植物群，其所有成员在形态上极为相似，以至可以认为他们是一些变异很小的相同的有机体 ，它们中的各个成员间可以正常交配并繁育出有生殖能力的后代 ，物种是生物分类的基本单元，也是生物繁殖的基本单元 。
物种概念反映时代思潮 。在林奈时代 ，人们相信物种是不变的 ，同种个体符合于同一“模式 ”。模式概念渊源于古希腊哲学的古老的概念，应用到整个分类系统 ，概念假定所有阶元系统中的各级物类单元 ，都各自符合于一个模式 。
物种的变与不变曾经是进化论和特创论的斗争焦点，是势不两立的观点 。但是 ，分类学的事实说明 ，每一物种各有自己的特征，没有两个物种完全相同；而每个物种又保持一系列祖传的特征 ，据之可以决定其界 、门、纲目 、科 、属的分类地位 ，并反映其进化历史。
分类工作的基本内容是区分物种和归合物种，前者是种级和种下分类，后者是种上分类 。种群概念提高了种级分类水平 ，改进了种下分类 ，其要点是以亚种代替变种 。亚种一般是指地理亚种，是种群的地理分化 ，具有一定的区别特征和分布范围。亚种分类反映物种分化突出了物种的空间概念 。
变种这一术语过去用得很杂 ，有的指个体变异，有的指群体类型 ，意义很不明确 ，在动物分类中已废除不用 。在植物分类中，一般用以区分居群内部的不连续变体。生态型是生活在一定生境而具有一定生态特征的种内类型 ，常用于植物分类 。人工选育的动植物种下单元称为品种 。
由于种内、种间变异错综复杂 ，分类学者对种的划分有时分歧很大。根据外部形态的异同程度作为划分物种依据而划分的称为形态种，由于对各种形态特征的重要性认识不一 ，使划分的种因人而异 ，尤其是分类学者对某些特征的“加权 ”常使它们比其他特征更具重要性，而造成主观偏见。
一个物种或物类，以至整个植物界和动物界 ，都有自己的历史 。研究系统发育就是探索种类之间历史渊源 ，以阐明亲缘关系，为分类提供理论依据 。尽管在分类学派中有综合(进化)分类学 、分支系统学和数值分类学三大流派 ，但在其基本原理上都有许多共同之处 ，不过各自强调不同的方面而已。
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